Daftar bendera kotamadya di Jepang

Daftar bendera kotamadya di Jepang mengandung bendera-bendera kotamadya di Jepang.

Sebagian besar kotamadya di Jepang memiliki bendera yang unik. Seperti bendera prefektur, bendera kotamadya rata-rata memiliki simbol geometris dwiwarna (mon), biasanya berupa huruf sistem penulisan bahasa Jepang (kanji, hiragana, katakana, atau Rōmaji).

Karena jumlahnya banyak, daftar ini dibagi per wilayah.